水素水のアトピーへの効果は、
活性酸素除去による炎症抑制です。

アトピーとは？
免疫機能がアレルゲンに過剰反応して、
炎症やかゆみなどが起こるアレルギー症状のことです。

＝皮膚に炎症が起こると活性酸素が発生します。

本来は？
活性酸素は体内に侵入した有害な細菌などを攻撃してくれます。

しかし？
アトピーは大量に活性酸素が発生するため、
無害な菌にも反応して炎症が悪化する流れです。

ですので？
水素水の還元力が効果を発揮します。

還元力
＝悪玉活性酸素とくっつき無害の水になり排出されます。

・血液
・リンパ液
・細胞膜
・細胞の内部
・ミトコンドリア

など水素は体内の至るところに入り込んでくれます。
（地球上で最も小さな分子ですので）

ちなみに私は、
ハウスダスト・ダニアレルギーです。

アレルギー性鼻炎で過去に手術をしたこともありますが、
水素水を飲んでいる間は症状が緩和しています。

（参考）アレルギー緩和体験レポート

個人的な体感ですが、
アトピー抑制効果から派生していると思います。