水素水は便秘解消の効果も期待できます。
（太田教授著書・水素水とサビない身体より）

・水素水の還元力
↓
・細胞の悪玉活性酸素除去
↓
・細胞がストレスフリーになる
↓
・副交感神経が優位になる
↓
・便秘のひとつ原因・自律神経の乱れが解消される

という理由です。

私の場合は？
どちらかというと下痢気味だったのですが、
水素水を飲み始めてから下痢しにくくなりました。

（水素水は1日1000mlくらい飲んでいます）
（500ml×2本など）

・細胞がストレスフリーになる
↓
・副交感神経が優位になる

の部分が「腸内環境正常化」という観点で、
効果があったのかなと思います。